Depuis lors, les collections zoologiques n'ont cessé de s'enrichir et font aujourd'hui de ce musée l'un des plus riches de France par sa diversité, sa qualité et l'ampleur de ses collections. Par manque de place, beaucoup d'entre elles restent cachées aux yeux des visiteurs ; elles sont stockées dans d'importantes réserves. Le public les découvre partiellement lors d'expositions temporaires.

Des chercheurs du monde entier consultent régulièrement ce patrimoine scientifique, véritable banque de données qui fait référence au niveau régional et mondial.

Des chiffres significatifs
- Un million d'insectes
- 18 000 oiseaux
- 1500 mammifères
- 60 000 invertébrés marins
- 9 000 squelettes
- 11000 poissons et reptiles
- De nombreux échantillons "types"
(spécimens à partir desquels ont été décrites de nouvelles espèces).